Dès l’âge de la pierre polie, la région était déjà peuplée: on y a découvert des stations lacustres. Ensuite des objets de l’époque romaine sont découverts au Châtelard, ainsi que des pilotis et des monnaies romaines à l’embouchure du Chandon.

Le nom du village varie de Fol en 1228, il devient Fo en 1290 et Foz en 1441.

Faoug au Moyen-Age faisait partie - de même qu’Avenches - du domaine temporel des évêques de Lausanne. Mais le village acquiert une certaine autonomie municipale dès 1421. Lors de la bataille de Morat, le village aurait été traversé par Charles le Téméraire en fuite.

En 1491, avec le consentement de Berne et Fribourg, les habitants de Faoug se font recevoir bourgeois de Morat en s’engageant à servir la bannière de cette cité dans toute entreprise guerrière sauf contre leur seigneur l’évêque.